Voor acht van de veertien Natura 2000-gebieden in Drenthe maakt de provincie samenmet betrokken partijen de plannen. De conceptplannen zijn op 1 september 2009 bij het Rijk ingediend. Sindsdien werkt de provincie aan de ontwerpbeheerplannen. Naast water is vooral stikstof (ammoniak) een belangrijk knelpunt bij het opstellen van deplannen.

De insteek van Drenthe was om daarbij een provinciaal beleidskaderammoniak te ontwikkelen. In maart 2010 heeft de minister van LNV echter besloten de ammoniakproblematiek structureel te gaan oplossen met de Programmatische Aanpak Stikstof (PAS). Toen naast het provinciale proces ook het landelijk proces ging lopen, is besloten de landelijke ontwikkelingen op het gebied van de aanpak van stikstof af te wachten. Het landelijke proces heeft meerdere malen vertraging opgelopen waardoor besluitvorming pas eind dit jaar wordt verwacht. Om deze reden zijn de Natura 2000- gebieden waar ammoniak een belangrijke rol speelt, nog niet definitief aangewezen.

Volgens gedeputeerde landelijk gebied Rein Munniksma blijft zowel de natuursector als de landbouwsector te lang in onzekerheid over de gevolgen van de stikstof voor Natura 2000. Daardoor hebben agrarische ondernemers en natuurbeheerders onvoldoende zicht op de ontwikkeling van gebieden en bedrijven. Munniksma dringt bij betrokkenen aan op voortgang en duidelijkheid en zoekt naar balans en goede oplossingen om zowel de natuur als de landbouw optimaal te ontwikkelen.